मुलुकको शैक्षिक क्षेत्र द्रुत गतिमा विकसित एवम् विस्तारित भइरहेको परिप्रेक्षमा शिक्षा मन्त्रालयमार्फत् सञ्चालित नीति, योजना र कार्यक्रमहरूलाई देशव्यापीरूपमा प्रभावकारी ढङ्गबाट कार्यान्वयन र अनुगमन गर्ने निकायका रूपमा शिक्षा विभागको स्थापना भएको हो । तत्कालिन अवस्थामा सञ्चालित आधारभूत तथा प्राथमिक शिक्षा परियोजना र माध्यमिक शिक्षा विकास परियोजनाअन्तर्गत सञ्चालित कार्यक्रमहरूलाई निरन्तरता दिई सार्थक कार्यान्वयनको आवश्यकतासमेत विभाग स्थापनाको पृष्ठभूमि थियो ।
नेपाल सरकारबाट २०५६ जेठ ९ गते राजपत्रमा सूचना प्रकाशित गरी आधारभूत तथा प्राथमिक शिक्षा परियोजना र माध्यमिक शिक्षा विकास परियोजनाद्वारा सञ्चालित कार्यक्रमहरूलाई निरन्तरता प्रदान गर्न तथा क्षेत्रीय शिक्षा निर्देशनालय एवम् जिल्ला शिक्षा कार्यालयहरूलाई सक्रिय बनाई विद्यालयको विद्यमान शैक्षिक प्रणालीलाई अझ बढी प्रभावकारी बनाउन शिक्षा मन्त्रालयअन्तर्गत शिक्षा विभागको गठन गरिएको हो ।